Появлению в Якутске семинарии предшествует история Якутского духовного училища.

История Якутского духовного училища началась в далеком 1800 году, когда на имя императора Павла I было отправлено прошение от князя Хангаласского улуса Ильи Шадрина об открытии в Якутии духовной школы. Тогда же в Святейший Синод поступил императорский указ о создании в городе Якутске специальной школы для обучения юношества христианскому закону.

Синод принял решение открыть при якутском Спасском монастыре духовное образовательное учреждение миссионерской направленности. 1 января 1801 года эта школа начала свою работу. В ней преподавались русская грамматика, чтение, правописание, катехизис и история христианства.

Первыми преподавателями стали монахи монастыря и городские священники. Однако летом 1815 года Якутск посетил епископ Иркутский, Нерчинский и Якутский Михаил, который, рассмотрев положение дел в монастырской школе, нашел ее «ненужной по малочисленности учеников и несоответствующей целям обучения». Он отправил ходатайство о ее закрытии на имя митрополита Санкт-Петербургского. Святейший Синод своим указом от 30 марта 1817 года объявил о закрытии монастырской школы и поставил вопрос об открытии вместо нее духовного училища. 10 ноября 1818 г. Якутским духовным правлением был получен указ из Иркутской духовной консистории от 19 октября с определением Преосвященного Михаила (Бурукова) и выпиской из решения Святейшего Синода об учреждении в Якутске уездно-приходского училища для священно-церковно-служительских детей. За неимением собственного дома оно было сначала размещено в соборной богадельне, а потом в Спасском монастыре г. Якутска.

В январе 1858 года состоялось Высочайшее повеление об учреждении Якутского викариатства. В том же году по ходатайству Преосвященного Иннокентия кафедра Камчатского епископа была перенесена в г. Якутск. Сюда же была переведена из Ситхи (Аляска) Новоархангельская духовная семинария, тогда же переименованная в Якутскую, которая вместе с духовным училищем разместилась в отремонтированных зданиях духовного училища. Семинария разделялась на два класса с трехгодичным курсом в каждом. Применительно к семинарии, и духовное училище было переделано в двухклассное с двухгодичным курсом в каждом классе. Возглавил оба учебных заведения ректор Новоархангельской семинарии архимандрит Петр (Екатерининский), ставший в феврале 1859 г. викарным епископом Якутским. В духовных школах проходили обучение юноши из числа коренных жителей, которых учили не только основам Православной веры и русскому языку, но и умению читать и писать на якутском языке.

В ночь на 21 января 1870 года в результате пожара здание духовной семинарии и соединенного с ней духовного училища было уничтожено. Вместе с ними в огне погибла библиотека. В связи с этим 17 июня по определению Святейшего Синода Якутская духовная семинария была переведена в г. Благовещенск. В Якутске было оставлено одно двухклассное училище с двухгодичным курсом и с учреждением при училище высшего одногодичного класса (словесности), которое и продолжило в г. Якутске работу по подготовке церковных кадров из числа местных жителей. В скором времени было построено новое здание духовного училища на средства местного благотворителя С.И. Идельгина. В нем располагались классы, общежития, библиотека, актовый зал и домовая церковь.

В дальнейшем якутское духовенство на своих епархиальных съездах (1874, 1880, 1881 г.г.) не раз поднимало вопрос о восстановлении в Якутске духовной семинарии. В 1884 г. стараниями Преосвященного Иакова (Домского) епископа Якутского и Вилюйского семинария была восстановлена. 21 апреля 1884 года был Высочайше утвержден журнал Святейшего Синода об открытии в Якутске трехклассной духовной семинарии с двухгодичным курсом в каждом классе и о соединении ее с духовным училищем, преобразованном в двухклассное, также с двухгодичным курсом в каждом классе.

В год открытия семинарии в ней обучалось 18 мальчиков якутов, а в дальнейшем 54 человека из числа иноверцев. Здесь была налажена целенаправленная работа по подготовке лиц духовного звания, миссионеров и переводчиков книг на местный язык. В конце XIX века в Якутском духовном училище обучалось почти сто человек. Оно стало первым профессиональным учебным заведением на территории Якутии и сыграло очень важную роль в распространении грамотности, приобщая к русской культуре народы далекого северного края. Среди тех, кто получил здесь образование, много славных имен, составляющих гордость народа саха, — Алексей Кулаковский, Платон Ойунский, Максим Аммосов и другие.

5 апреля 1920 года постановлением Якутского губревкома все духовные учебные заведения г. Якутска были закрыты, а их здания переданы в ведение школьного коллектива при губревкоме.

В 2006 году по благословению Патриарха Алексия II и решением Священного Синода Якутское духовное училище возобновило свою деятельность.

5 октября 2011 года по благословению Патриарха Московского и всея Руси Кирилла и решением Священного Синода Русской Православной Церкви, по ходатайству Преосвященного епископа Якутского и Ленского Романа, Якутское духовное училище было преобразовано в Якутскую духовную семинарию.