Храм Якутской духовной семинарии посвящен ее небесному покровителю — святителю Иннокентию, митрополиту Московскому и Коломенскому, просветителю Сибири и Америки.

Храм условно разделяет здание Семинарии на две половины. Над храмом возвышается трехъярусная колокольня со шпилем.

Ежедневно студенты Семинарии приходят сюда для совершение утренних молитв и молитв на сон грядущим.

Освящен храм 13 октября 2011 года епископом (ныне — архиепископом) Якутским и Ленским Романом.

Свято-Иннокентиевский храм является домовым храмом для Якутской духовной семинарии и Православной классической гимназии г. Якутска. Поэтому богослужения здесь проходят с учетом образовательного процесса этих учебных заведений.

Совершают богослужения преподаватели в священном сане, при деятельном участии семинаристов, которые исполняют послушания пономарей и певчих.